福建省农业科学院畜牧兽医研究所共承担国家、省部级科研任务50多项，其中***项目6个、省级项目41个、横向联合研究项目15个，经费共达3000多万元。先后获国家、部省级以上科技成果近60项，填补国内外多项空白；发表论文476篇，出版著作11部。

在获奖成果中，“雏番鸭细小病毒病病原发现、诊断和防治”2002年荣获国家科技进步二等奖；“禽霍乱荚膜抗原疫苗的研究”于1990年荣获农业部科技进步二等奖；“福建省牛流行性腹泻的病原诊断研究”、“雏番鸭细小病毒病活疫苗和快速诊断试剂研究”荣获1983、2001年福建省科技成果一等奖；“肉鸡配合饲料的研究”、“鸡新城疫病毒单克隆抗体的研究”、“莆田黑鸭高产系选育”、“雏番鸭细小病毒病病原发现、鉴定和诊断研究”、“小型白羽半番鸭母本的选育研究”、“鸭出血症病原学及诊断技术研究”，荣获1986、1987、1989、1993、2005、2006年福建省科技进步二等奖；“雏番鸭细小病毒病活疫苗”、“雏番鸭细小病毒病乳胶凝集试验和凝集抑制试剂”荣获2000年国家一类兽药证书，2003年国家新产品证书。2006年“福建省康牧生物技术开发中心”通过国家农业部验收。“福建省动物生物安全三级实验室”2006年通过中国实验室国家认可委员会认可，2007年通过农业部资格审查并核发《高致病性动物病原微生物实验室资格证书》。“畜禽疫病防治技术工程研究中心”、“福建省畜禽分子遗传育种工程”通过省级验收。