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(1)培养箱 在分子生物学试验中，有很多反应都是在特定温度下进行的，这时就需要一个控温的装置。例如：用于细菌的平板培养，我们通常设定为37℃于培养箱倒置培养；其他分子生物学实验如酶切等需要25℃，30℃，37℃等条件。
(2)冰箱 冰箱是实验室保存试剂和样品必不可少的仪器。分子生物学实验中用到的试剂有些要求是4度保存，有些要求是负20度保存，实验人员一定要看清试剂的保存条件，放置在恰当的温度下保存。具体来说，不同温度下保存的物品如下：
a. 4℃适合储存某些溶液、试剂、药品等。
b.-20℃适用于某些试剂、药品、酶、血清、配好的抗生素和DNA、蛋白质样品等。
c.-80℃适合某些长期低温保存的样品、大肠杆菌菌种、纯化的样品、特殊的低温处理消化液，感受态等的保存。
d.0-10℃的层析冷柜适合低温条件下的电泳、层析、透析等实验。
(3)摇床 摇床是实验室常用仪器，一般有常温型和低温型两种。对于分子生物学实验室，如果能配置低温型摇床，就可以适应不同的实验需求。例如：用于大肠杆菌，酵母菌等生物工程菌种的振荡培养及蛋白的诱导表达，培养通常为28度和37度，诱导表达需要20-37度；在感受态的制备过程中，需要有18度的温度控制；用于蛋白凝胶的染色脱色时振荡，常温使用；用于大肠杆菌常规转化时振荡复苏，常为37度。对于控制温度低于室温时，我们需要低温型摇床来控温。
(4)水浴锅 水浴锅也是一种控温装置，水浴控温对于样品来说比较快速且接触充分。例如，用于42度的大肠杆菌转化时的热激反应；用于DNA杂交过程中水浴控温。
(5)烘箱 烘箱是用于灭菌和洗涤后的物品烘干。烘箱有不同的控温范围，用户可以根据实验需求进行选择。例如，有些塑料用具只能在42-45℃的烤箱中进行烘干；用于RNA方面的实验用具，需要在250℃烤箱中烘干。
(6)纯水装置 纯水装置包括蒸馏水器和纯水机。蒸馏水器的价格便宜，但在造水过程中需要有人值守；纯水机价格高些，但是使用方便，可以储存一定量的纯水。纯水使用也有不同的级别，一般实验用水需要纯水，用于PCR、DNA测序、酶反应均需要超纯水。
(7)灭菌锅 分子生物学所用到的大部分实验用具都应严格消毒灭菌。包括实验物品、试剂、培养基等。灭菌锅也有不同大小型号，有些是手动的，有些是全自动的。用户需要根据自己的需要选购。
(8)天平 天平用于精确称量各类试剂。实验室常用的是电子天平，电子天平按照精度不同有不同的级别。
(9)液体量器 液体量器用于精密量取各类液体。常见的液体量器有量筒、移液管、微量取液器、刻度试管、烧杯。
(10)pH计 用于配置试剂时精确测量PH值，从而保证配置的溶液的精确性。有时也需要利用pH计测定样品溶液的酸碱度。
(11)分光光度计 分光光度计通过测定吸光值，从而用于分析样品核酸和蛋白的含量及纯度；同时也可以测定培养菌液的浓度。
(12)离心机 离心机有冷冻和常温之分。主要用于收集微生物菌体、细胞碎片以及其他沉淀物。有些样品由于在常温下不太稳定，需要低温环境。例如在感受态制备过程中必须保证低温环境，所以需要冷冻离心机。
(13)超净工作台 分子生物学中凡是涉及对细菌的操作均需在超净工作台下完成，还有感受态制备，转化反应等，都需要无菌的环境。
(14)电泳系统 实验室常用的电泳主要是三种：水平电泳用于核酸DNA/RNA的琼脂糖电泳检测；垂直电泳用于蛋白的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测；转印电泳用于将蛋白转印到膜上做western检测。
(15)PCR仪 PCR仪有不同的类型，分别用于不同的实验。普通和梯度PCR仪用于基因克隆和基因检测过程中DNA/RNA的扩增。荧光定量PCR仪用于核酸定量分析、基因表达差异分析、单核苷酸多态性检测、甲基化检测。原位PCR仪用于鉴定和定位带有靶序列的细胞在组织中的位置。
(16)凝胶成像分析系统/紫外检测仪 凝胶成像系统用于对染色后的核酸琼脂糖电泳胶和蛋白聚丙烯酰胺凝胶的观察和拍照，有些可以进行切胶操作。紫外检测仪可以用于对染色后的核酸琼脂糖电泳胶的观察，胶回收时切胶操作，但是不能连接电脑拍照。
(17)制冰机 实验室常用的是雪花制冰机，制冰机一般是按每日制冰量分成不同型号。分子实验室中制造大多数核酸、蛋白质的实验操作所需的低温环境，以减少核酸酶或蛋白质酶的水解。感受态制备也需要长时间冰浴。
(18)磁力搅拌器 在配置试剂过程中，有些试剂较难溶解，这时需要借助磁力搅拌器。磁力搅拌器可以加速溶解固体内容物。磁力搅拌器一般带加热功能。
(19)生物安全柜 分子实验中涉及的试剂和样品很多是有毒的，对于操作人员来说伤害较大。为了防止有害悬浮微粒、气溶胶的扩散，可以利用生物安全柜对操作人员、样品及样品间交叉感染和环境提供安全保护。
(20)微波炉和电炉 用于溶液的快速加热，电泳琼脂糖凝胶的加热溶化配制，固体培养基的加热溶化。
(21)液氮罐 分子生物学实验中感受态细胞的制备需要液氮处理。感受态的保存也可以存于液氮中。
(22)微管移液器 微管移液器也有不同型号，是用于准确量取特定体积的溶液。
